Kaplnka sv. Jakuba bola odkrytá v rokoch 1994 až 1996 v rámci archeologického výskumu. Počas podujatia Bratislava pre všetkých bola tento víkend sprístupnená verejnosti.
Na mieste kaplnky odhalili počas výskumu štyri rôzne stavby – predrománsku rotundu, románsku kostnicu, gotickú kaplnku a kostnicou a Kaplnku sv. Jakuba. Kaplnka sa nachádza na cintoríne, ktorý sa rozprestieral medzi Starou tržnicou a Manderlákom. Zanikla v roku 1774, keď cintorín zrušili.
